2008年，国家将再次对燃料乙醇财政补贴政策进行调整，即在实行弹性补贴政策时，除参考石油价格外，还将参考粮食价格。
2006年，财政部等联合下发了《关于发展生物能源和生物化工财税扶持政策的实施意见》。《意见》称，将建立风险基金制度与弹性亏损补贴机制。当石油价格高于企业正常生产经营保底价时，国家不予亏损补贴，企业应当建立风险基金；当石油价格低于保底价时，先由企业用风险基金以盈补亏，如果油价长期低位运行，将启动弹性亏损补贴机制。
新的弹性补贴政策，国家将根据国内汽油价格变动情况，建立参考保护价，燃料乙醇价格低于参考保护价的部分，国家将给予补贴，从而使企业最大程度地避免亏损。
据天冠集团分析，实行弹性补贴政策后，企业得到的补贴金额将会逐年下降，国家对燃料乙醇生产将逐步放开，实现燃料乙醇的完全市场化。2007年国家对燃料乙醇补贴统一减少到每吨1373元，比2006年减少了255元，比2005年减少了500元。
环球能源网获悉，我国自推广乙醇汽油以来，一直对定点燃料乙醇生产厂家实行财政补贴政策。这是由于我国汽油和燃料乙醇价格都实行国家统一定价，存在价格倒挂状况。国家规定燃料乙醇价格执行同期公布的90号汽油出厂价乘以价格系数0.911。由于国际油价猛涨，国内油价调整相对滞后，同时玉米价格上涨较多，目前，每销售1吨燃料乙醇要亏损数百元。
目前我国享受补贴的燃料乙醇定点生产企业有吉林燃料乙醇有限责任公司、河南天冠集团、安徽丰原生物化学股份有限公司和黑龙江华润酒精有限公司。
