乙醇生产商正考虑修建专用运输管道，这可能是最好的运输方式。目前，乙醇工业依赖于铁路、公路等传统运输方式。某些情况下，繁忙的传统运输会造成燃料供应延迟的状况。环球能源网认为，使用乙醇运输管道或许算得上一个好的解决方法。
一些细节问题还不能敲定。乙醇工业相对来说仍是新兴工业，在整个产业布局完善以前，管道修建的范围很难确定；并且乙醇价格能否支持大规模修建跨国运输管道也遭到质疑。可再生燃料协会提出，他们还不确定乙醇专用运输管道能否提供与传统运输方式如水运，铁路和公路等同等安全的运输。
然而，玉米制造乙醇确实拥有可观的前景，目前产量已为每年68亿加仑，预计明年玉米制乙醇产量能达到90亿加仑。在这样的规模下，也许为其修建专用管道并不过分。
美国可再生燃料协会正努力研究20%比例的乙醇燃料能否使用原油输油管道进行运输。如果研究取得令人满意的成果，那么乙醇运输困境将可能很快解除。
