2009至2011年，重庆全面提高清洁能源使用率，有效改善了主城区的能源结构，改善了主城区大气环境质量。全市清洁能源使用率均达到国家“十一五”环境保护模范城市考核指标“城市清洁能源使用率≥50%”的考核要求。
大力推进清洁能源工程。燃煤曾是重庆主城区大气污染的主要来源，燃煤清洁能源改造是控制燃煤污染的最具根本性的措施。2000年初到2001年6月，重庆在主城区113个街道（镇）范围内全面推行清洁能源工程，将1153台10蒸吨/小时以下的锅炉和和1500台茶水炉（大灶）全部改用清洁能源。2003—2004年，又对主城区445台工业炉窑实施改造。其中2125台燃煤炉窑实施清洁能源改造，230台实施技术改造治理或关停、搬迁。2009年，重庆市政府办公厅印发了《关于印发重庆市主城各区燃煤设施清洁能源改造实施方案（2009-2010年）的通知》。2000年，重庆在主城区开展第一阶段燃煤清洁能源工程的基础上，又启动实施了第二阶段清洁能源改造工程。重庆主城区清洁能源改造总投资40亿元，完成了主城区所有10蒸吨/小时及以下燃煤锅炉和茶水炉清洁能源改造，每年削减燃煤200多万吨。
开展无煤系列创建工程。2005年以来，重庆在全市开展创建无煤区和基本无煤区工作，制订了《重庆市无煤区和基本无煤区的创建标准》，并建立了无煤区管理长效机制。2009年，重庆在全国率先开展整区创建无煤区工作，渝中、江北、北碚、渝北、北部新区建成区已完成整体创建无煤区工作。2012年底又完成沙坪坝区、九龙坡区、大渡口区、南岸区、巴南区等整体建成无煤区工作。全市累计建成无煤区社区636个，主城区创建成无煤区面积530平方公里，关停取缔燃煤设施3604个，年减少燃煤7万吨，减少二氧化硫排放3920吨、烟尘5300吨。
积极开发利用天然气。近年来，重庆市政府将发展天然气作为全市的民心工程和绿色能源工程，大力开拓天然气市场，建设天然气储配站和管网。2009-2011年，该市实施了江北区头塘60万立方米储气工程、低压天然气管网改造工程以及两江新区天然气管网配套工程等，三年完成天然气管道建设1500公里，新增储气能力65万立方米，完成投资15亿元。新发展天然气居民用户37万户，新增企业和商业用户5300户，截至2011年底，居民用户数达310万户，企业和商业用户数达3万户。
加强外购电力保障力度。为减少主城区的电煤用量，近年来，重庆加大外购电的力度，实现了陕西向重庆点对网供电，大幅减少了电煤用量，减少了二氧化硫排放量。2010年补贴3亿元，2011年补贴12亿元用于外购煤电补贴，2011年确保外购电达到145亿千瓦，同比增加20亿千瓦时，年减少发电用煤110万吨。
大力发展CNG汽车。近年来我市将公交(出租车)行业作为重庆市发展使用CNG（压缩天然气）汽车的重点领域，积极发展公交、出租CNG汽车。目前全市公交、出租行业CNG汽车总量达到7万余辆，基本实现了将CNG作为公交(出租车)行业汽车燃料的目标。为确保CNG汽车能够加好气，保障公交系统的营运安全，市政府千方百计持续增加CNG供应量，全市CNG汽车的天然气消费量由2008年底的5亿立方米，增加到2011年底的近7亿立方米。同时，加大CNG加气站及其配套设施的建设。截止2011年底，全市建成投运94座加气站，其中主城区加气站累计达到60座，加气能力175万立方米/日。加快推进引进LNG补充CNG建设工作，在管道供气不足或CNG加气高峰时段，利用LNG进行气源补充，目前已改造建成L-CNG加气站两座。
不断提高燃油品质。在2008年之前，重庆主要使用10号柴油和90号汽油。截至2011年，0号柴油和93号清洁汽油已经基本替代原10号柴油和90号汽油，同时增加了-10号柴油和97号汽油的供应，有效降低了燃油对城市环境造成的污染。
落实建筑节能标准，极力开发利用可再生能源。重庆编制发布了《居住建筑节能50%设计标准》、《居住建筑节能65%设计标准》、《公共建筑节能工程施工质量验收规程》、《居住建筑节能检测标准》等50项建筑节能地方标准和图集，形成了设计标准、施工验收规程、标准设计齐全配套的技术法规体系，对建筑节能工作实施全过程监管提供了技术支撑。同时在全国率先实施了建筑节能初步设计专项审查和建筑节能设计质量自审责任制，对新建建筑强制执行建筑节能标准，督促设计单位切实提高建筑节能设计质量。截至目前，已在主城21个大型聚居区域建成绿色生态小区28个，建筑面积约490万平方米。三年来，全市范围内共开展建筑节能初设审查项目4313个，建筑面积约为1.84亿平方米。并在主城区2737平方公里范围内的新建居住建筑全面执行建筑节能65%标准，城镇新建建筑执行节能强制性标准的比例达到96%，建筑领域形成节能能力约为150万吨标准煤，有效降低了全市单位GDP能耗。
清洁能源的推广和使用，不仅促进了循环经济的发展，而且改善了城市环境质量和提高了人居生活水平，2009-2011年，重庆市主城区清洁能源使用率分别为84.86%、85.14％、85.9％，均达到国家规定的“城市清洁能源使用率大于50%”的考核要求。
