根据《京都议定书》第12条，清洁发展机制的目的是协助未列入附件一的缔约方实现可持续发展和有益于《公约》的最终目标，并协助附件一所列缔约方实现遵守第3条规定的其量化限制和减少排放的承诺。根据该规定，允许承担温室气体减排任务的附件一缔约国在通过非附件一缔约国投资温室气体减排项目，获得核证减排量（Certified Emission Reductions，CERs），并依此抵消其依据《京都议定书》所应承担的部分温室气体减排任务。
联合履行机制和清洁发展机制都是基于温室气体减排项目合作的机制，它们通过严密的方法学论证与计算这些项目产生的减排量，项目的东道国可以将减排量转让给那些需要额外的排放权才能兑现其减排义务的国家。不同的是联合履约机制是附件一国家之间的合作，项目产生的减排量称为“减排单位”（ERUs），清洁发展机制是附件一国家和非附件一国家的合作，项目产生的减排量称为“核证减排量”（CERs）。
