在船舶的营运过程中会产生大量的生活污水，包括厕所、小便池的排出物和其他废弃物；医务室洗手池、洗澡盆和这些处所排水孔的排出物；装有活体动物处所的排出物等，其处理一般是以岸上城市生活污水处理技术为技术原型，并根据国际海事公约、船舶的特殊工作环境转化形成。
微生物燃料电池是以自然界中存在的微生物作为催化剂，利用其对有机物的氧化作用，将燃料中的化学能转化为电能的一种装置。
船舶生活污水中的污染物大多是有机物，含有丰富的化学能，传统的污水处理技术并不是处理船舶生活污水的最佳工艺，而利用微生物燃料电池技术，不仅可以有效处理污水，同时可以将潜在的能源回收利用，减少能耗，提高能源利用率。
