生物燃料电池（Biological fuel cell, BFC）是其中至少有一部分以活细胞或酶作为催化剂，在适宜生物生长和发挥催化作用的温度条件下，按生物电化学方式将化学能转化为电能的体系或装置。
生物燃料电池具有环境友好，性能优越和能源利用率高的优点。其发电效率可高达40%-60%，综合利用率可达80%，能量转化效率比传统的发电系统高50%以上。生物燃料电池几乎不排放氮氧化物和硫氧化物，二氧化碳的排放也比常规发电厂减少40%以上。因此，生物燃料电池被认为是继火力、水力和原子能之后的第四大发电体系。
