近年来，市港航事业发展中心认真贯彻落实《山东省加快内河航运高质量发展三年行动方案（2023-2025年）》要求，以建设“绿色化、智能化、标准化、现代化”港口为目标，对标全国内河一流港口标准，全面提升港口基础设施、装备和运输组织的绿色发展水平，构建了内河港口绿色低碳发展新模式。
高标准开展绿色港口创建。印发《济宁市绿色港口建设三年行动方案》，制定了重点港口“一港一策”清单，编印了绿色港口建设任务书、责任书，大力推进堆场车间化、光伏发电、清洁能源、能耗在线监测等项目。创设全省第一个“济宁绿港云平台”管理系统。制定了品牌建设方案，把绿色港口创建、申报、评价、公示、管理全流程搬到“云端”，实现了工作的规范化、制度化、智慧化，6家港口获评“星级绿色港口”荣誉称号。梁山港获得全国内河港口首张“碳足迹”“碳中和”证书。持续加大港口绿化工作投入，9家港口获得市级“园林式单位”称号，3家港口获得省级“园林式单位”称号。
大力推进堆场车间建设。实施堆场车间化，出台了《济宁市港口码头堆场车间建设指导意见》《济宁市港口码头堆场车间化建设实施方案》等系列文件，全市港口码头在全部完成封闭料口的基础上，15家港口投资6.3亿余元建设51.2万平方米封闭条形仓，主城区大型港口覆盖率达到了100%，达到了“运煤不见煤、作业不起尘”的效果。推进港口运营低碳排放，在港口全封闭车间顶部安装光伏发电系统，既能发电自用、余电上网，又实现了节能环保降耗，梁山港、友邦港等港口新增光伏发电13.1兆瓦。
创新实施雨污分流工程。强化政策引导和技术支持，组织梁山港、太平港等4家港口聘请国内权威科研院所，制定了《港口雨污分流技术改造方案》，科学优化升级港区管网系统，在全省内河港口率先完成了雨污分流试点。4家试点港口企业累计投资4200余万元，改造污水管网总长1.24万米，新建扩建调蓄池1.3万立方米，污水处理效率提高了20倍，创造了全国内河“海绵港口”济宁经验。
积极推动港作机械节能减排。加快推进港口非道路移动机械迭代升级，全市港口179台非道路移动机械全部达到了环三排放标准，占比100%。更换新能源港作机械26台、纯电动货车8辆，每年可减少碳排放123.36万吨，培树了龙拱港“港作机械近零碳排放示范港口”，打造了全省首个港口非道路移动机械监管平台。全市港口企业累计投资50余万元，在非道路移动机械上加装了车载排放诊断终端监控设备及定位装置167套，并全部接入港航环保“云监测”系统，实现自动检测、自动识别、自动报警，大幅提升了港口码头智能化水平。
