生物燃料是可再生能源的一种，包括燃料乙醇和生物柴油。近年来，公众对生物燃料的兴趣日益增长，主要基于以下几点：首先，生物燃料是唯一可以大规模替代交通部门汽油和柴油的可再生能源；其次，生物燃料与目前的煤变油、煤基甲醇/二甲醚、汽车动力电能/氢能等替代模式相比具有更高的能源效率和生态环境友好性；另外，生物质制取物质性产品是目前石油化工产品生产的唯一替代渠道。
世界大国都出台了强有力的促进方案。美国2007年底提出到2022年以1.08亿吨生物燃料替代20%运输燃料的目标及逐年计划。欧盟2007年初提出了生物燃料不得少于运输燃料10%的目标。印度计划到2008年10月将乙醇在汽油中添加比例由目前的5%提高到10%，到2017年这个比例要达到20%。
对比各国规划，我国规划2020年以液体生物燃料替代运输用石油只占2%。这只是欧盟的五分之一，美国的十分之一！中国石油比欧美国家更加紧张，生产生物燃料的原料并不比欧美国家贫乏，发展技术也并不存在实质性的障碍，而生物燃料规划却存在如此大的差距！
在世界大国中，中国的生物燃料产业已经显得裹足不前了，除了国家规划严重滞后以外，还存在如下几个主要问题：
1、原材料供应问题严重。目前生物燃料的原材料生产的投入基本都是企业行为，由于缺乏基础设施配套，成本很难控制。而生物燃料的原料生产主要在“三农”，产值的六成在“三农”，发展能源农业在促进农业发展、农村城镇化、农民增收致富和解决剩余劳动力方面具有很大现实意义。然而，目前生物燃料产业似乎与农业关系并不大。
2、转化技术比较落后。目前我国的燃料乙醇主要是利用糖和淀粉发酵来制取，技术比较成熟，但被誉为“第二代燃料乙醇技术”的纤维素发酵制乙醇技术进展缓慢，与国外差距较大。国外在利用环境非常友好的酶催化技术制取生物柴油方面进展迅速，并且在通过基因工程促进原料高产方面也有长足进展，相较而言，我国的生物柴油技术进展缓慢。
3、资金投入明显不足。生物燃料的生产属于高新技术和新兴产业，其技术研发和市场培育需要大量资金投入，但目前投融资渠道较为单一，国家及地方政府财政投入严重不足，部分领域研发能力弱，技术水平较低，制约了技术创新和产业化发展。另外，原材料的种植是一项很大的系统工程，单个企业很难实现，这就需要国家相关部门、地方政府、企业等形成一个合作机制，共同推动产业发展。
发展生物燃料是保障国家能源安全的一个重要战略部署，针对目前中国生物产业面临的问题，当前最紧迫需要做的事情有以下几点：
1、将生物燃料产业纳入基础产业的范畴，科学制定发展规划并建立产业发展体系，从根本上解决原材料的供应问题。应该将粮食种植和能源种植这两种相关度极高的产业进行整合，统一进行育种、栽培、收购、调配、销售、技术等综合服务，以最大可能地降低原材料供应成本。
2、大力促进生物燃料的研发与利用。国家应将生物燃料技术研究纳入国家重大科技专项之中，应从原料生产、收集、储存、运输、加工转换、市场流通、终端使用等全产业链考虑，系统地制定技术促进方案。首要解决原料供应、生物燃料制取以及副产物深加工等核心难题。
3、该积极完善财税扶持政策。由于先期进入生物燃料领域风险较大，市场难以预计，这很大程度影响了产业发展初期企业进入的积极性。对于先期进入原料种植的企业，应该为其滚动开发创造条件，银行应该允许这些企业通过已经种植的植被进行抵押贷款。也可以建立生物燃料发展的风险基金制度，对生物燃料生产企业的亏损实施弹性补贴，以吸引足够多的企业进入生物燃料领域，随着产业不断发展该补贴可逐年降低。另外，应该对从事生物燃料原料生产的基地进行额外补贴以鼓励其在环境方面取得的正效应
