据美国北达科塔州立大学生物燃料经济学家科尔·古斯塔夫森称，由于生物燃料转化技术难度大，环境保护局调整管理规定，加上金融市场疲软，因而生物燃料商很难找到新的投资资金。
生物燃料行业目前面临的最大挑战是寻找资金建设新型纤维素乙醇工厂。玉米乙醇厂可能不得不在技术开发方面加大投入，以减少温室气体排放。
美国环境保护局发现，在任何新建的传统玉米乙醇厂，温室气体排放最多只有减少16%，因而不能视为传统生物燃料。
美国环境保护局提议，今后诸如谷物乙醇等传统型生物燃料的温室气体排放必须减少多达20%。
环境保护局计划评测生物燃料生产周期中直接和间接的温室气体排放。
