近年来，自治区在生物液体燃料的技术研发、产业化方面，处于国内领先水平。其中，建成和在建生产生物柴油企业5个，以菜籽、文冠果、农作物秸秆、动植物油、城市垃圾及废弃用油为原料生产。建成和在建生物乙醇生产企业有7个，其中5个企业主要是以玉米为原料，2个企业以甜高粱杆、非粮生物质为原料生产。
因中国对粮食生产乙醇和生物柴油已叫停，鼓励发展非粮生物燃料，自治区以非粮生物质生产生物液体燃料的开发正在积极进行中，并且取得了突破性进展，目前自治区已建成并投产10万吨/年利用高油作物生产柴油及润滑油生产线；开始建设总规模50万吨/年纤维生物质原料制乙醇生产线。
第一条以非粮油脂为原料，生产生物柴油、高级润滑油、聚酯树脂等产品的生产线于2008年12月27日试生产，是国家批准的国内第一条正式投产的生物柴油试点生产线，标志着中国的生物柴油已进入工业化生产阶段，这条线的投产给我区带来经济效益和社会效益的同时，也将对全国生物质能源转化利用起到科技示范作用；内蒙古农业大学完成了生物柴油的研制全过程，取得了合格的样品，在文冠果制生物材油研究领域处于国内领先水平；国家林业局与中国石油天然气股份有限公司合作，在赤峰市的松山区、阿鲁科尔沁旗、巴林右旗、翁牛特旗建设10万亩文冠果能源林，为下一步生物柴油的产业化生产做好准备。
开发利用非粮生物质为原料制燃料乙醇，是生物质燃料领域我区的发展重点。以木材加工剩余物、木材残渣、灌木、秸秆等木质纤维植物为原料，制燃料乙醇联产电力技术已取得重大突破，目前正在包头市正在建设1万吨/年生产线，将内蒙古先进的煤转化技术延伸用于生物质转换中，提升了生物质化工产业技术。莫力达瓦达斡尔族自治旗甜高粱茎秆制取30万吨/年无水乙醇项目正在筹建中。
利用阳光和淡水养殖高油微藻技术是我区生物质燃料产业化的另一个重点突破方向。微藻油脂含量高、个体小、生长周期短，碳源利用谱广、对环境的适应能力强、容易培养，易于实现大规模生产，是生产生物质柴油的很好原料。
本技术通过野生藻株筛选，定向培养，改良优化，获得高产油藻种及其培养液；通过工艺优选、采用光能自养型全封闭式内光源管道系统循环生产等过程，连续培养高油藻；通过地理位置优选、内光源全封闭管道系统循环生物反应装置集成设计、条件优选、条件建设等过程，扩大繁殖微藻。采用藻体预处理、压榨、浸出工艺，制备微藻毛油后，成为脂肪酸甲酯生物柴油原料。
