“十一五”期间，申能集团科研和技改项目资金投入总量超过35亿元，获得各类专利授权40多项，共有13个科研课题获得上海市科委资助。其中，《东海边际气田水下生产系统关键技术》项目列入国家863计划，《世博中国馆、主题馆光伏建筑一体化》项目被国家科技部列为世博重大专项课题。上海石油天然气有限公司、上海外高桥第三发电有限公司被评为“上海市高新技术企业”。公司控股电厂供电煤耗从2005年的319克/千瓦时下降到2010年的300克／千瓦时，控股电厂脱硫工程于2008年底全部投运，每年减排二氧化硫约7.6万吨，脱硝示范工程已启动。“十一五”期间，公司天然气购销差指标逐步好转，能源转换效率累计平均比“十五”提高4个百分点，SO2、COD、氨氮、废水排放指标显著下降。其中，外高桥三发电通过多项自主创新，取得18项企业新纪录和9项国家专利，2010年供电煤耗279克/千瓦时，继续保持全国和世界领先水平。