生物燃料在经受过一片赞赏之声过后，遭到了一些非盈利组织的攻击。一些团体如经济合作与发展组织，牛津饥荒救济委员会和联合国粮农组织称，生物燃料业加快食品价格上涨，破坏环境，并加剧发展中国家农民的贫困程度。
　　环球能源网获悉，巴西糖类和乙醇工业协会日前表示将为生物燃料产业遭受的攻击展开辩论，该协会会长称，为了维护和改善生物燃料行业的形象，该行业决定为生物燃料正名。在阿姆斯特丹的一个会议上，协会会长马尔克斯说：“我们需要在全球范围内为乙醇燃料业辩护，抵制那些不科学的批评。由于在这方面存在问题，我们需要交换意见。”
　　目前，在世界许多国家，生物燃料的发展都得到了政府的支持。美国和欧洲各国政府正在鼓励使用其他燃料，以控制化石燃料的二氧化碳排放量，降低对石油进口的依赖。欧盟期望到2020年生物燃料如乙醇燃料占到运输燃料的百分之十。巴西是世界上最大的甘蔗制糖和乙醇的国家。从2006到2007年，巴西共生产3020万升乙醇和4亿3千万吨甘蔗。由于种植面积从如今的六百三十万公顷增大至一千三百九十万公顷，到2020年巴西的甘蔗产量将增至两倍多，达到十亿吨。到2020年，技术进步将使该国在原有种植面积不变的条件下推进糖类和乙醇的生产。