发展生物燃料已成全球共识，但用谷物、甘蔗生产燃料乙醇会影响食物安全，如何经济地用非粮原料生产乙醇是生物燃料产业急需解决的技术问题。
非粮原料主要为甜高粱、木薯以及木质纤维素等，因其不占用耕地，不消耗粮食，使新一代生物燃料具有广阔的应用前景。我国积极推进新一代生物燃料技术的研究和开发，取得了显著成效。
在“十一五”国家科技支撑计划的支持下，清华大学开发的甜高粱乙醇生产新技术和设备达到了国际先进水平。该工艺使甜高粱秆发酵乙醇时间从传统窖式发酵的3天缩短到44小时，这也比用玉米发酵生产乙醇的时间缩短了20%%；糖醇转化率高达95%%，而且生产工艺实现了循环经济，生产乙醇后的高粱秆48%%作为饲料，52%%作为乙醇生产所需蒸汽的锅炉燃料，甜高粱秆中的水分还可作为乙醇生产工艺用水回收。
据介绍，这种甜高粱在含盐量0.5%%以下的盐碱地上能获得较高的产量，将成为新一代理想能源作物。甜高粱秆生产乙醇目前已完成中试，正在进行示范工厂设计，即将实现商业化生产。
用秸秆类木质纤维素生产乙醇是国际难题，支撑计划“生物质高效降解专用微生物筛选与构建”课题已开发出分子振动辅助水解、原生复合酶降解纤维素、构建共利用戊糖与己糖基因工程菌技术，与国际研究水平同步，并有可能首先取得突破。
鉴于纤维素乙醇技术还有待突破，科技部还支持了生产糠醛、木糖后剩余的纤维素可以在酶解为葡萄糖后生产乙醇的研发，由于原料成本几乎为“零”，所以与木糖、糠醛联产出的乙醇更具有经济竞争性。据悉，“秸秆生产糠醛、木糖并联产纤维素乙醇”课题组已筛选和构建了高产乙醇酵母菌，并开发出了纤维素水解反应器，万吨级生产装置已基本建成，有望使我国成为第一个采用纤维素有经济效益地生产乙醇的国家。
目前，以甜高粱、木薯为原料的燃料乙醇和以小桐子为原料制取生物柴油正在开展小规模试验，这为我国大规模开发利用生物液体燃料积累了经验。到2010年，燃料乙醇的年生产能力将达到200万吨，生物柴油的年生产能力达到20万吨。与此同时，部分企业正在研究开发以秸秆、木材等非粮食为原料的生物液体燃料技术，并取得了一定的突破，可望在2010年前后形成规模化生产能力。
