有关专家认为，目前生物柴油规模化生产面临的首要困难是原料资源不落实。据估算，我国的膏桐、黄连木等油料植物可满足年产上千万吨生物柴油的原料需要，废弃动植物油回收可年产约500万吨生物柴油，因此从理论上讲我国生物柴油发展潜力是巨大的，但目前虽然南方地区种植了一定数量的膏桐等油料植物，但分布分散且数量小，尚不足以支撑生物柴油规模化生产。
现生物柴油生产成本中原料成本占八成。如不降低原料成本，生物柴油明显缺少价格优势，在当前的能源市场中将缺乏竞争力。其次，技术产业化基础薄弱限制着生物柴油规模化发展。目前以废动植物油生产生物柴油的技术较为成熟，但发展潜力有限；以油料植物为原料生产生物柴油的技术尚需要经过工业性试验后才能大规模生产。再次，政策和市场环境不完善也制约着生物柴油产业发展。我国目前虽然有相关的政策及标准，但是没有正常的生物柴油销售渠道。
专家认为，发展生物柴油对于保障国家能源安全意义重大，从目前我国生物柴油资源、技术、市场和政策条件来看，要实现生物燃料的规模化发展，关键要解决好生物柴油原料落实、产品生产和市场销售三个环节的问题，建议有关政府部门尽快制定有利于生物柴油发展的投资、价格、税收及政府补贴等政策，落实产品销售渠道，一方面充分发挥大型能源企业的带头作用，同时广泛吸收社会企业参与，形成完整的生物柴油生产、混配和销售体系。
