生物质发电的宏伟规划，可能会遇到资源不足的瓶颈，要想在资源有限的情况下保证生物质发电有序发展，还需要国家的整体协调。
7月9日，在近30年以来首次农村能源工作会议上，国家能源局公布了“十二五”生物质能的发展目标：到2015年生物质发电装机达到1300万千瓦，而2010年底，中国生物质发电装机总量约550万千瓦，也就是说，未来五年，中国的生物质发电装机要新增750万千瓦，相当于至少要新增300座生物质电厂。目标甫一下达，各省各地都开始了独立规划，充满了投资冲动。
目前中国绝大部分生物质发电装机都是生物质直燃发电。同太阳能相比，生物质发电装机成本较低；同风电和水电相比，输出稳定，可以作为基本负荷。而且生物质锅炉国产化程度较高，还可以热电联供。但是优点如此突出的生物质发电目前在中国的情况却不能让人乐观，目前还有很多问题困扰着生物质发电的健康发展。
由于生物质电站装机较小，一般都在2万千瓦左右，所以这些电站的建设都由各省或自治区发改委负责审批，而省级政府出于拉动当地经济，吸引投资，增加就业的考虑，一般对生物质电站建设一路大开绿灯，如此一来，导致电站在某些秸秆资源丰富的地区密集布局，造成电站之间的资源竞争。而所在县市为了保护自己县市的电站，一般都会颁布行政命令，限制自己县市的秸秆资源输出到周边地区，这就导致了很大一部分处于经济性界限外，但又在行政界限内的秸秆资源受行政限制和经济性限制无法利用，造成资源缺口。
另外，我国也缺乏生物质资源利用的统一规划，国家除了推广生物质发电以外，同时也在推广其他秸秆利用方式，比如秸秆还田和秸秆气化等，这些政策无疑会同生物质发电竞争生物质资源，造成地方政府对秸秆的利用政策无法保持持续和统一。
目前中国生物质电站的秸秆收集方式主要分两种：一是间接收购型，电站通过农民经纪人向农民采购秸秆。如此，电站避免了直接面对数量庞大的农民，省去了很多时间和精力，而且可以仰赖这些有地方实力的经纪人保证生物质原料的定时定量供应，但是此种模式问题颇多，经常出现经纪人恶意抬价的情况，电站为了保证原料供应，不得不妥协。
另一种是直接收购型，电站设立直属收购站，向农民直接收购秸秆。此种方式虽然可以避免经纪人恶意垄断原料，但是电站却必须直接面对大量农民，沟通成本和收集成本很高，而且农民认识到秸秆价值后，也会坐地起价，有些农民为了增加秸秆重量，会往秸秆里面浇水，甚至掺沙和石头，这不仅使秸秆收购成本上升，还会造成锅炉损坏，所以一般收购站都会设立分拣流程，将沙石去除，这大大增加了生物质原料的采购成本。
另外，由于生物质热值较小，同等热值生物质原料的体积远大于煤，而且，生物质电站一般都建于农村，道路状况和运输工具都不佳，这都限制了生物质原料的收集半径，抬高了原料运输成本。由于原料无法保证，很多电厂为了发电，只能掺烧煤，这不仅有违生物质发电的绿色初衷，对锅炉也有损害。
上网电价偏低也制约着生物质发电的健康发展。2010年，国家发改委发布了《关于完善农林生物质发电价格政策的通知》，出台了全国统一的生物质发电上网电价（0.75元/千瓦时），当时在一定程度上缓解了生物质电站经营压力，但是生物质原料的收购价格和运输成本一直在上涨，部分电厂能靠CDM以及副产品获利，但是大部分生物质电站目前仍然挣扎在盈亏平衡线上。
目前即使在一些农业大县，电厂之间抢生物质资源的情况也广泛存在，如果再新上300个电厂，那资源争夺战会更加激烈，秸秆成本会快速上升，电厂很难盈利。如果以上问题无法解决，那中国规划中的1300万千瓦装机不仅无法促进生物质的发展，反而会伤害生物质能行业的长远发展。
