据英国《新科学家》杂志报道，生物燃料的绿色光环又加注了另一个环境污点，由英国政府资助的一项调查发现，英国加油泵抽出的每5升生物燃料中就有4升达不到可持续工业的基本行业标准。
生物燃料制造厂商不能出示其燃料不是通过毁坏雨林生产出来，也不能说明他们没有损坏其它的自然环境和加困贫穷农民的生活。事实上，他们不能明说英国油箱中近一半的生物燃料是产自雨林。环境慈善组织地球之友称此情况为“骇人听闻的供认。”英国汽车2%的燃油是生物燃料，下个月，欧盟决定将在2020年前达到10%的目标。
由再生能源机构(RFA)进行的这一项调查具有国际性意义，因为它计算了由英国进口生物燃料原料所导致的可能出现的温室气体的增加。此调查还表明英国用生物燃料代替石油的直接的气候好处至少受益于从巴西进口大豆油。大豆广泛用于生产生物柴油，从而节省10%的常用燃油。
通过这种直接测量，一些其它生物燃料的环保效应就更好了。来自巴西的甘蔗经发酵后生产乙醇，可减少大约70%的温室气体的排放。来自英美和其它国家的食用油和牛脂可减少大约80%的温室气体的排放。生长在欧洲和北美的含油葡萄籽也可减少大约30%的温室气体的排放，而东南亚的棕榈油可减少大约40%的温室气体的排放。
然而，目前用玉米加工乙醇被大为指责，因为在其生产过程中所消耗的石油比汽车使用乙醇当燃料而节省下来的石油还要多。
再生能源机构警告说，调查数字表明其它生物燃料的气候好处被描绘成了太美好的蓝图，而隐藏的事实表明它们确实是弊大于利。这是因为非直接的环境效应目前并没有进行评估，如砍伐雨林和东南亚排干沼泽地种植棕榈树所造成的温室气体的排放。
一些研究表明，要好几百年才能将先前的沼泽地改造成足可以种植大量棕榈树的地方，才能弥补因排干沼泽地而释放出来的大量温室气体。再生能源机构宣布，未来将评估这些非直接效应。这是一项非常艰难的工作，因此，生物燃料公司还有很长时间不会出示其基本信息，包括他们的原料来自哪里。
